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出现不能解释的念珠菌尿时应及时评价有无尿路结构异常。已证实有念珠菌尿的病人临床可表现为无症状性念珠菌尿，尿道炎和前列腺炎，膀胱炎（伴或不伴粪石形成或气体形成），原发性肾念珠菌病和血源播散性念珠菌病。
与细菌性尿路感染不同，念珠菌尿水平反映了真正的念珠菌性尿路感染，及不仅是导尿管内集落或尿液标本的污染并不知道。通常在出现膀胱炎或刺激和念珠菌尿的高危病人中诊断膀胱炎。来自真菌的物质排出有时可被观察到。膀胱镜和肾脏，膀胱超声有助于发现粪石形成和梗阻。
存在发热和念珠菌尿，有时存在乳头坏死和真菌球排出提示上行性肾念珠菌病的诊断。尽管肾功能常常减退，如无肾后梗阻时严重肾衰很少发生。尿路影像能帮助评价受累程度。念珠菌血培养常为阴性。