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评价机构在环境影响评价工作中不负责任或者弄虚作假，致使环境影响评价文件失实的，环境保护部依据《中华人民共和国环境影响评价法》第三十三条的规定，降低其评价资质等级或者吊销其资质证书，并处所收费用一倍以上三倍以下的罚款，同时依据有关规定对主持该环境影响评价文件的环境影响评价工程师注销登记。
评价机构有下列行为之一的，环境保护部取消其评价资质：
（1）以欺骗、贿赂等不正当手段取得评价资质的；
（2）涂改、倒卖、出租、出借资质证书的；
（3）超越评价资质等级、评价范围提供环境影响评价技术服务的；
（4）达不到评价资质条件或《建设项目环境影响评价资质管理办法》第二十九条规定的业绩要求的。
申请评价资质的机构隐瞒有关情况或者提供虚假资料申请评价资质的，环境保护部不予受理或者不予评价资质，并给予警告，申请机构一年内不得再次申请评价资质。评价机构以欺骗、贿赂等不正当手段取得评价资质的，除由环境保护部取消其评价资质外，评价机构在三年内不得再次申请评价资质。
评价机构有下列行为之一的，环境保护部视情节轻重，分别给予警告、通报批评、责令限期整改3～12个月、缩减评价范围、降低资质等级或者取消评价资质，其中责令限期整改的，评价机构在限期整改期间，不得承担环境影响评价工作：
（1）不按规定接受抽查、考核或在抽查、考核中隐瞒有关情况、提供虚假材料的；
（2）不按规定填报或虚报“建设项目环境影响评价机构年度业绩报告表”的；
（3）未按《建设项目环境影响评价资质管理办法》第二十一条至第二十六条的要求承担环境影响评价工作的；
（4）评价机构的经济类型、法定代表人、工作场所和环境影响评价专职技术人员等基本情况发生变化，未及时报环境保护部备案的。
在审批、抽查或考核中发现评价机构主持完成的环境影响报告书或环境影响报告表质量较差，有下列情形之一的，环境保护部视情节轻重，分别给予警告、通报批评、责令限期整改3～12个月、缩减评价范围或者降低资质等级，其中责令限期整改的，评价机构在限期整改期间，不得承担环境影响评价工作：
（1）建设项目工程分析出现较大失误的；
（2）环境现状描述不清或环境现状监测数据选用有明显错误的；
（3）环境影响识别和评价因子筛选存在较大疏漏的；
（4）环境标准适用错误的；
（5）环境影响预测与评价方法不正确的；
（6）环境影响评价内容不全面、达不到相关技术要求或不足以支持环境影响评价结论的；
（7）所提出的环境保护措施建议不充分、不合理或不可行的；
（8）环境影响评价结论不明确的。
环境保护部及时向社会公告依据本办法被吊销资质证书、取消评价资质、降低资质等级和缩减评价范围的评价机构。不仅要定期公布获准评价资质的机构名单，对因违规受到处罚的评价机构及其受处罚情况也要进行公布，并且是要及时公布。