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小肠是一个相当长的管道器官，饮食物的消化、吸收主要是在小肠内进行。
小肠的生理功能包括两个方面：一是受盛和化物，二是分别清浊。
受盛，是接受和贮盛。化物，即消化。小肠的受盛与化物功能，是指小肠接受由胃传下的食糜，停留相当长的时问，以进行进一步的消化。
分别清浊，清，指水谷精微。浊，指食物残渣。小肠分别清浊的功能，即对食糜进一步消化，吸收其中的精微部分，并将残渣向下传送至大肠。由于小肠亦参与人体的水液代谢，故又有“小肠主液”之说。小肠泌别清浊功能正常，则水液和糟粕各走其道而二便正常。