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基因按其功能可分为：
1.结构基因是指某些能决定某种多肽链（蛋白质）或酶分子结构的基因。结构基因的突变可导致特定蛋白质（或酶）一级结构的改变或影响蛋白质（或酶）量的改变。
2.调控基因是指某些可调节控制结构基因表达的基因。调控基因的突变可以影响一个或多个结构基因的功能，或导致一个或多个蛋白质（或酶）时的改变。
此外，还有一些只转录而不翻译的基因，如核糖体RNA基因，也称为rDNA基因，它们专门转录rRNA；还不转运RNA基因，也称为tRNA基因，是专门转录tRNA的。