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方法的选择原则是：
预测环境影响时应尽量选用通用、成熟、简便并能满足准确度要求的方法。同时应分析所采用的环境影响预测方法的适用性。
主要的方法有：
目前使用较多的预测方法有：数学模式法、物理模型法、类比分析法和专业判断法等。
①数学模式法。能给出定量的预测结果，但需一定的计算条件和输入必要的参数、数据。一般情况此方法比较简便，应首先考虑。
选用数学模式时要注意模式的应用条件，如实际情况不能很好满足模式的应用条件而又拟采用时，要对模式进行修正并验证。
②物理模型法。定量化程度较高，再现性好，能反映比较复杂的环境特征，但需要有合适的试验条件和必要的基础数据，且制作复杂的环境模型需要较多的人力、物力和时间。在无法利用数学模式法预测而又要求预测结果定量精度较高时，应选用此方法。
③类比分析法。预测结果属于半定量性质。如由于评价工作时间较短等原因，无法取得足够的参数、数据，不能采用前述两种方法进行预测时，可选用此方法。生态环境影响评价中常用此方法。
④专业判断法。定性地反映建设项目的环境影响。
建设项目的某些环境影响很难定量估测，如对人文遗迹、自然遗迹与“珍贵”景观的环境影响等，或由于评价时间过短等无法采用以上三种方法时可选用此方法。生态影响预测采用的生态机理分析法、景观生态