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滤过是保证注射液澄明的关键操作。药液的过滤宜先用砂滤棒粗滤，再用微孔滤膜精滤。
（1）垂熔玻璃滤器：化学性质稳定，吸附性低，不影响药液的pH，无微粒脱落，易于清洗。根据滤板孔径大小分为1－6#六种规格，其号数越大，孔径越小。常用的是3#和4#，3#用于常压滤过，4#用于减压或加压滤过。厂家不同，代号也有差异。
使用前，应先用自来水冲去滤器中的灰尘和药液（忌用毛刷久洗，不然易导致滤板表面粗糙，影响滤过质量），再用新鲜的铬酸清洁液或硝酸钠清洁液浸泡，然后用自来水冲去酸液，再以热注射用水洗至中性，水液澄明。
垂熔玻璃器常用于膜滤器前的预滤。
（2）砂滤棒（滤柱）：多用于粗滤。常用的有硅藻土滤棒、多孔素磁滤棒和玻璃砂滤棒三种。硅藻土滤棒分粗、中、细三种规格，粗号用于溶液的滤过，中号用于注射液的滤过，细号用于滤过细菌。多孔素磁滤棒根据滤孔大小分成八级，号数越大，孔径越小。玻璃砂滤棒（也称垂熔玻璃砂芯）根据滤孔大小分为四级。
砂滤棒易脱砂、吸附，使用前要先用与药液pH值相同的酸或碱液冲洗，不然可能影响药液的pH值；使用后，应反复冲洗。另外，滤棒中常含有微量金属离子，对金属离子敏感的药液则不宜使用，否则会引起药液氧化变质。
（3）微孔滤膜滤器：是一种高分子的薄膜过滤材料，能截留一般常用滤器所不能截留的微粒。孔径0.65-0.8μm的滤膜，作一般注射液的精滤使用；平均孔径0.3μm或0.22μm的产品，可作除菌滤过用。
此薄膜滤速较快，吸附性小，但滤留粒子容易聚集在微孔滤膜表面，所以在用薄膜过滤前，最好先用其它滤材进行预过滤，使用前还应在滤膜的上下二侧，衬（盖）网状的保护材料（2-3层滤纸），以防止过滤液冲压，滤膜破裂。
目前，美国pall公司已用聚砜、聚丙烯腈为膜材，制成可截留相对分子质量为3000、5000、6000、10000及13000物质的超滤装置，为已经认证的美国独家除热原超滤器。
（4）其他滤器：钛滤器是新发展的滤器，耐热耐腐蚀，滤速快，不易破碎，用来代替砂滤棒或垂熔玻璃滤器，可用于粗滤。板框式压滤机一般用于中药注射剂的预滤。