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钱乙的学术思想：他将小儿生理病理特点概括为“脏腑柔弱、易虚易实、易寒易热”，对儿科临床有直接指导意义。在四诊中尤重望诊，对“面上证”、“目内证”、痘疹类出疹性疾病的鉴别诊断记述详细而实用。
辨证方面首创儿科五脏辨证体系，提出心主惊、肝主风、脾主困、肺主喘、肾主虚的辨证纲领，成为中医儿科辨证学中最重要的方法。
论治法，从五脏补虚泻实出发，又注意柔润清养、运补兼施、攻不伤正。他善于化裁古方，如六味地黄丸；研制新方，如异功散、泻白散、导赤散、七味白术散等，创134方，其中丸剂70方，散剂45方，膏剂6方，汤剂6方，外用7方，以成药为主，许多方剂至今仍为临床医师所习用。