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第十三条 检验检疫机构对注册饲养场实行监督管理制度，定期或不定期检查注册饲养场的动物卫生防疫制度的落实情况、动物卫生状况、饲料及药物的使用等。
检验检疫机构对注册饲养场实行分类管理。
第十四条 注册饲养场应有经检验检疫机构备案的兽医负责注册饲养场的日常动物卫生和防疫管理，并填写《供港澳活猪注册饲养场管理手册》（附件5），配合检验检疫机构做好注册饲养场的检验检疫工作，并接受检验检疫机构的监督管理。
第十五条 注册饲养场工作人员应身体健康并定期体检。严禁患有人畜共患病的人员在注册饲养场工作。
第十六条 注册饲养场必须严格执行自繁自养的规定。引进的种猪，须来自非疫区的健康群；种猪入场前，经注册饲养场兽医逐头临床检查，并经隔离检疫合格后，方可转入生产区种猪舍。
第十七条 注册饲养场须保持良好的环境卫生，做好日常防疫消毒工作，定期灭鼠、灭蚊蝇，消毒圈舍、场地、饲槽及其他用具；进出注册饲养场的人员和车辆必须严格消毒。
第十八条 注册饲养场的免疫程序须报检验检疫机构备案，并按照规定的程序免疫。免疫接种情况填入《供港澳活猪注册饲养场管理手册》。
第十九条 注册饲养场不得使用或存放国家禁止使用的药物和动物促生长剂。对国家允许使用的药物和动物促生长剂，要按照国家有关使用规定，特别是停药期的规定使用，并须将使用情况填入《供港澳活猪注册饲养场管理手册》。
违反本条规定的，取消其注册资格，吊销注册证。
第二十条 供港澳活猪的饲料和饲料添加剂须符合《出口食用动物饲用饲料检验检疫管理办法》的规定。
第二十一条 注册饲养场应建立疫情报告制度。发生疫情或疑似疫情时，必须采取紧急防疫措施，并于12小时之内向所在地检验检疫机构报告。
第二十二条 检验检疫机构对注册饲养场实施疫情监测和残留监测制度。
第二十三条 检验检疫机构根据需要可采集动物组织、饲料、药物或其他样品，进行动物病原体、药物或有毒有害物质的检测和品质鉴定。
第二十四条 注册饲养场发生严重动物传染病的，立即停止其活猪供应港澳。
检验检疫机构检测发现采集样品中含有国家严禁使用药物残留的，应暂停注册饲养场的活猪供应港澳，并查明原因。
第二十五条 出口企业应遵守检验检疫规定，配合检验检疫机构做好供港澳活猪的检验检疫工作，并接受检验检疫机构的监督管理。
严禁非注册饲养场活猪供港澳。对违反规定的出口企业，检验检疫机构停止接受其报检；对违反规定的注册饲养场，检验检疫机构取消其注册资格，吊销其注册证。
第二十六条 进入发运站的供港澳活猪必须来自注册饲养场，并有清晰可辨的检验检疫标志—针印，针印加施在活猪两侧臀部。针印和印油的使用管理遵照国家检验检疫局的有关规定。
不同注册场的活猪须分舍停放。
供港澳活猪发运站应符合检验检疫要求，动物发运前后，须对站台、场地、圈舍、运输工具、用具等进行有效消毒。发运站发生重大动物疫情时，暂停使用，经彻底消毒处理后，方可恢复使用。
第二十七条 供港澳活猪的运输必须由检验检疫机构培训考核合格的押运员负责押运。
押运员须做好运输途中的饲养管理和防疫消毒工作，不得串车，不准沿途抛弃或出售病、残、死猪及饲料、粪便、垫料等物，并做好押运记录。运输途中发现重大疫情时应立即向启运地检验检疫机构报告，同时采取必要的防疫措施。
供港澳活猪抵达出境口岸时，押运员须向出境口岸检验检疫机构提交押运记录，途中所带物品和用具须在检验检疫机构监督下进行有效消毒处理。
第二十八条 来自不同注册饲养场的活猪不得混装，运输途中不得与其他动物接触，不得卸离运输工具。
第二十九条 装运供港澳活猪的回空车辆（船舶）等入境时应在指定的地点清洗干净，并在口岸检验检疫机构的监督下作防疫消毒处理。