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PVTT常引起急性门静脉高压、急性消化道大出血，甚至顽固性腹水，导致肝功能衰竭，预后凶险，如不处理多在确诊3—4个月内死亡。癌细胞常沿门静脉播散，在肝内蔓延和转移，形成转移癌结节，这是PLC肝内扩散的最主要形式。门静脉受侵常伴有肝动脉门静脉瘘形成，动静脉瘘又促使肿瘤在肝内广泛播散。所以，一旦门静脉癌栓形成，病情多数即不可逆转。门静脉癌栓被认为是PLC的门静脉转移，也是肝内广泛转移的根源。
未经治疗的肝癌伴PVTT患者，其中位生存率多不超过3个月，预后极差。其转归大致有：（1）肝内广泛转移：癌栓通过门静脉血流至肝内其他部位，侵入肝实质，形成肝内多发转移灶；甚至侵犯胆管沿胆管内生长。（2）肝外转移：癌细胞进人循环系统，激活血小板，启动凝血机制和刺激红细胞生成，使血液粘稠度增高，血流变缓，利于癌细胞的粘附，形成远处转移灶；有些伴有肝静脉、下腔静脉癌栓，甚至右心房或肺动脉癌栓。（3）继发性门静脉高压：以癌栓介导的动静脉瘘或动静脉短路，以及癌栓沿门静脉管壁向门脉一级分支或主干生长，阻塞、压迫门静脉，甚至侵犯脾静脉和肠系膜上静脉，或继发门静脉血栓均引起门静脉循环障碍，产生急性门静脉高压。临床主要表现为急剧发生的顽固性腹水、上消化道大出血、水样腹泻等。据统计约有1/3的肝癌患者死于门脉高压引发的上消化道大出血。（4）肝功能衰竭：门静脉血流是维持肝脏正常代谢和维护肝功能的基本条件，当癌栓阻塞门静脉时，即使有代偿性增加的动脉血流灌注，也无法发挥正常的肝功能，因此伴PVTT的肝癌患者多出现进行性肝功能衰竭和肝性脑病，这是导致患者死亡的另一原因。