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1、外膜蛋白可分为PI、PII和PIII三种。PI为主要外膜蛋白，是淋病奈瑟菌分型的主要基础。PII可能与PIII相连，在外膜形成微孔复合体。PII为次要蛋白，主要功能是使细菌彼此黏附在一起或黏附于宿主细胞上，并参与营养物质的摄取。
2、脂多糖抗原淋病奈瑟菌LPS结构由短链的核寡糖和脂质A组成。脂多糖具有很强的致热毒性，与致病性及免疫性有关。
3、菌毛蛋白抗原菌毛存在于有毒菌株，直径约为6nm，每根菌毛是由10000个相同的蛋白质单位组成的单丝状结构。由不同菌株提取的菌毛，其抗原性不同。