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韩国国家情报院和首尔中央地方检察院公安1部10月19日称逮捕了一名朝鲜侦察总局特工，并称这名特工的任务是潜入韩国刺杀不久前猝死的朝鲜叛逃高官黄长烨。
据韩国《朝鲜日报》10月20日援引韩国警方的介绍称，这名朝鲜特工去年11月接受了朝鲜侦察总局“杀掉叛徒黄长烨”的命令，然后通过东南亚于今年8月进入韩国。结果在韩国情报部门的联合审查下，暴露了朝鲜特工的身份。
报道称，朝鲜人民武力部下属的侦察总局是朝鲜对韩间谍工作的指挥部，该机构今年年初曾派遣2名朝鲜特工来到韩国暗杀黄长烨，结果被韩国情报部门抓获。
黄长烨在回忆录《我看到了历史的真谛》中详细叙述了他亡命韩国的真相。1997年初他受邀到日本参加国际问题研讨会，实则是到日本寻求粮食援助，但无果而归。他知道没有完成金正日亲自交给他的任务，回国后会是最严厉的惩罚。另外，自从金日成在1994年病逝之后，他一直得不到金正日的信任。因此作了人生的重大抉择。
事后他说是在日本时就萌发了叛逃的念头，可是到达日本，他就有一种不详的预感，不得不改变了计划。日本“朝总联”（旅日朝鲜人联合会）来的人以保护我为名，一刻不停的跟在他周围，使他根本没有脱身的可能。他甚至怀疑金正日似乎看出了什么，然后给“朝总联”发了特别指示，密切集中监视自己。因此，黄长烨不得不改在警戒相对疏忽的下一站中国选择叛逃。
回朝鲜需从东京乘飞机到达北京再转列车到平壤，黄长烨住进朝鲜驻华大使馆。次日1997年2月12日上午9点，黄长烨和副手金德弘躲进韩国驻北京总领事馆附近的一家酒店百货店去买东西，那不过是个借口，事实上他们是去会见帮助逃亡的人，商量叛逃事宜。之后，他和助手便乘出租车直奔韩国驻华大使馆，两人进去就受到了庇护。而朝鲜驻华大使馆九点正在准备举行酒会欢送黄长烨回国（黄所乘的列车是十一时开），宾客等了好久还不见主角到场，大使馆慌忙派人四处奔波寻找其去向。韩国驻华大使馆于11点30分向北京政府通报了黄长烨和副手金德弘逃亡的消息。下午5点30分，韩国政府发布公告，宣布接受黄长烨和金德弘的亡命申请。
得知黄长烨和金德弘叛逃的消息后，朝鲜动员了在北京的朝鲜留学生到韩国驻华大使馆示威，还派出了数百名保卫部要员，企图穿过中国警察的警戒网，进入韩国驻中国大使馆实施暗杀。不过，两次努力最后都失败了。中国政府动员了1000名武装警察以及装甲车来强化大使馆周围的警备，显然中国政府不希望事情最后演变成发生在中国的国际丑闻。
朝鲜想强行抢回黄长烨和金德弘计划失败了。中国也发布公告，说韩国并没有绑架黄长烨和金德弘二人。最后，朝鲜发布公告，“变节者想走就走吧”。巧的是，朝鲜发布公告宣称黄长烨是变节者的那天，正好是他的74岁生日。
1997年3月7日，时任中国外交部长钱其琛在调查了这一事件的真相后，根据国际法和国际惯例，同时也为了朝鲜半岛的和平稳定，表示将妥善处理。