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调整阴阳，使之恢复或保持相对平衡，达到阴平阳秘，是防治疾病的基本原则。主要表现在如下方面：
1.指导养生
根本原则是要求“法于阴阳”，即遵循自然界阴阳变化的规律来调理人体之阴阳，使其与四时阴阳的变化相适应，以保持人与自然界的协调统一，从而能够保持身体健康，益寿延年。
2.确定治疗原则
阴阳偏盛的治疗原则：阴阳偏盛表现为邪气盛的实证，故治疗时采用“泻其有余”（实者泻之）的原则。凡阴盛的实寒证，用“寒者热之”的治则；阳盛的实热证，用“热者寒之”的治则。此外，临床上还必须根据病程的长短，注意其有无相应的或阴或阳的损伤情况。因为阴盛可以导致阳气损伤（阴长阳消），阳盛可以导致阴液耗损（阳长阴消）。如果阴或阳偏盛而其相对的一方并没有造成明显的虚损时，只需采用单纯的“泻其有余”治则即可；若其相对的一方已有明显的偏衰时，则当兼顾其虚弱的一面，即在“泻其有余”的同时，配用“补其不足”（补阳或补阴）之法。
阴阳偏衰的治疗原则：阴阳偏衰表现为正气不足的虚证，故治宜采取“补其不足”（虚者补之）的原则。凡阴虚不能制阳而致阳亢（阴消阳长）的虚热证，宜用补阴治之；阳虚不能制阴而致阴盛（阳消阴长）的虚寒证，宜用补阳治之。这种治疗原则，称之为“阳病治阴，阴病治阳”；又称作“壮水之主，以制阳光”，“益火之源，以消阴翳”。这是针对单纯虚证的治疗原则。若虚中夹实病证，则当兼顾其实的一面，即在“补其不足”的同时，配用“泻其有余”（泻其阳亢或阴盛）之法。
3.归纳药物性能
药物的性能，主要依靠其性、味和升降浮沉来决定，此又皆可用阴阳来归纳说明。
药性：主要有寒、热、温、凉四种，又称“四气”。其中寒、凉属阴，热、温属阳。能减轻或消除热证的药物，一般属于寒性或凉性；能减轻或消除寒证的药物，一般属于热性或温性。
药味：主要有酸、苦、甘、辛、咸五种，称为“五味”，另还有一种淡味。其中辛、甘、淡属阳；酸、苦、咸属阴。
升降浮沉：是指药物作用的趋向。升是上升，降是下降，浮是发散，沉是泄利。升与降、浮与沉的性质都是相反的，用阴阳来归纳，升浮之药，其性多有上升、发散的特点，故属阳。沉降之药，其性多有收涩、泻下、重镇的特点，故属阴。