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阴阳学说是中医学的核心理论和指导原则。阴阳学说用于说明人体的组织结构、生理功能、病理变化，尤其是直接用于指导对疾病的诊断和治疗。
阴阳学说指导诊断，包括“察色按脉，先辨阴阳”，即将疾病统分为阴证阳证两大类别，在四诊收集疾病信息的过程中，以阴阳属性来分类症状及舌诊和脉象；同时在辨证中对疾病的属性进行本质概括，从而为治疗提供指导原则。如中医学最核心的辨证方法——“八纲辨证”，就是以阴阳为纲，表、实、热属阳，里、虚、寒属阴。
阴阳学说对治疗具有指导意义，疾病的发生总归不外乎阴阳的偏盛偏衰而失于动态平衡，所以论治疾病的根本在于纠正失调，补偏救弊，恢复“阴平阳秘”的正常状态，以期达到治愈疾病的目的。
所以，在证分阴阳的前提下，方药也分阴阳，治则也强调“阴病治阳”，“阳病治阴”，“疗寒以热，疗热以寒”，“补虚泻实”，“攻邪扶正”等原则，以改善患病机体失调的阴阳关系，即“谨察阴阳所在而调之，以平为期”。